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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已现示出宽泛的生物体可溶性，分为抗恶性肿瘤和身体毒的作用。常，三萜是在甲羟戊酸经过获得的，并从天然的苔藓植物和真菌感染中抽取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上文章发表了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的设计分析论文范文。该设计分析显示三萜类有机化合物野生野生灵芝酸（GA）是用液塑造的无柄野生野生灵芝菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的菌物学转为生产的。借助转录组和淀粉酶质组学科技水平进每一步探究无柄虫草菌丝体中DHT生产两者虫草酸（GA）的原则，并按照其多个学科技水平检验到的相互影响dna和相互影响淀粉酶，猜测DHT 菌物学合并 GA 的有效途径。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和职能分类管理

在对无柄野生灵芝真菌感染菌丝体对其进行转录组测序共收获67230个转录本和142915个单dna。在这个单dna中，491个被技术鉴定为对比具体介绍表明dna（DEGs），这之中213个表明上涨，279个表明再降（图1A）。GO丰度具体介绍后，DEGs氛围生物制品工作中（BP）、神经肿瘤细胞的成分（CC）和分子式基本功能（MF）3类。在BP品类中，存在了前五个子品类：消炎药分解的产生率工作中，冰醋酸盐产生率工作中和甲酸盐产生率工作中 ;而在CC品类中，神经肿瘤细胞外区、突触和好体、突触机构是前五个亚类。就MF品类，甲酸脱氢酶（NAD）生物、脱色复原酶生物和酸氨（或酰胺）连结酶生物是前五个亚品类（图1B）。在DEGs的KEGG环路具体介绍中，前30条丰度度比较高的环路含有27条隶属于产生率，这之中丁烷产生率、乙醛酸盐和二羧酸盐产生率、丙酸盐产生率手机信号环路有明显丰度（图1D）。

图1|转录多组分析和实用功能分类管理

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

可以用对无柄野生灵芝白色念珠菌菌丝体对其做好营养物质酶质组学解析，总计决定了16,457种现代感肽、2606种营养物质酶质和2588种定量解析营养物质酶质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的挑选前提下，在这一2606种营养物质酶质中，94种被检验为的文化差异展示营养物质酶（DEPs），这之中52种调涨，42种调整（图2A），图2C展现信息信息了的文化差异展示营养物质酶的聚类算法解析热图。从GO解析来看看，BP类属展现信息信息，大部分数DEPs参予冰醋酸盐基础新陈分解消化吸收工作、抗生素类化解基础新陈分解消化吸收工作和药剂化解基础新陈分解消化吸收工作。CC类DEPs在肿瘤肿瘤細胞核外区、过阳极金属阳极氧化物酶体和微体中平均水平最好，阳极阳极氧化还原故宫场景酶微生物制品和甲酸脱氢酶（NAD）微生物制品在MF类中DEPs的标准最好（图2B）。与转录组的结果相像，KEGG环路解析展现信息信息，一些DEPs在基础新陈分解消化吸收中聚集，这之中3条最聚集的方式是光合微生物制品中的碳放置、碳基础新陈分解消化吸收和MAPK电磁波环路（图2D）。还有，可以用解析GO数据源库的CC对DEPs对其做好亚肿瘤肿瘤細胞核定位功能解析和注音（图2E），DEPs最通常的布局在肿瘤肿瘤細胞核质（40.66%）、肿瘤肿瘤細胞核膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论知识上是GAs微生物制品炼制的最通常的选址。

图2|蛋白酶质组的降钙素原检测解析和能力校验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

营生物转变和對照组侯选人DEGs和DEPs开发了维恩图，有20个差别表示表观遗传（图3A）。对转录组和蛋清质组中E组和C组共要的DEGs/DEPs完成聚类剖析法剖析，看见mRNA和蛋清质相互直接有12个上涨表观遗传和2个降低表观遗传，DEGs与之翻泽的DEPs表示平均水平呈正相应，鉴于Pearson的相应指数剖析，在转录组和蛋清质组相互直接验测到相对来说较高的相应性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检则结杲体现，E组和C组115个DEGs的表答横向的差异显著性，这之中9个为调涨DEGs，3个为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表答趋势分析与转录混合物析结杲相符。

图3|蛋清质组的酶联免疫法定性分析和功能表效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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